一般而言，造成新生犬貓死亡的原因不外乎下列幾個原因：先天異常、營養問題（母體及幼崽）、出生體重過低、生產時或產後的創傷（難產、食子癖、母畜因疏忽而造成傷害）、新生兒溶血、傳染病及其他各種早夭原因。
先天異常
先天異常指的是仔畜出生時即可發現的異常狀態，大部分是由於基因的問題所引起。當然，也有很多的外在因素也可以引起畸胎，如X光或某些藥物。有些先天的異常會使得仔畜於生產時立刻死亡，或於2周內死亡，特別是那些包含中樞神經系統、心臟血管系統、呼吸系統的先天異常。其它的先天異常可能直到仔畜能完全自主行動時才被注意到，通常是在免疫前的健康檢查才被獸醫師所發現，或者造成明顯的影響時，或發現仔畜的生長遲滯時。要確定真正的死亡原因很難。
畸胎作用
已有很多的藥物及化學物質被認為具有導致畸胎作用，並有完整的報道，會造成仔畜的先天異常及早夭。因此，於懷孕期間應避免給予任何的藥物及化學物質，特別是類固醇及抗真菌類藥物。
營養問題
餵養懷孕母畜不適當的食物可能會生出虛弱或疾病的仔畜，引起新生仔畜營養不良的原因包括：母體嚴重營養不良、胎兒時缺乏適當的母體血液供應及胎盤空間的競爭。
體重不足
出生時的體重不足往往會造成較高的仔畜死亡率。引起初生體重不足的原因尚未明了，但必定包含多種因素，雖出生體重不足常被歸因於早產，但大部分的臨床病例則多為足期生產，可能是由於先天異常或營養因素所引起。
出生體重不足不僅有較高的死產及早夭的可能性（6周齡內），並且可能引起某些幼齡動物變成慢性發育不良，於幼齡期內死亡。因此仔畜應於出生時稱重，並定期測量，直至到達6周齡時。這也是評估仔畜能否攝取足夠母乳營養的檢測標準之一。
創傷
創傷所引起的生產時或出生後5日內的仔畜死亡，大多與難產、食子癖或母性不良有關。 食子癖大多發生於神經質或高度敏感的母畜。但是，母畜將生病的新生仔畜吃掉是相當常見的，不能將所有母畜的食子行為都歸罪於母畜，有時這樣的食子行為是為了其它健康的仔畜，避免它們受到可能的疾病感染，並且可以減少無畏的照料及母乳消耗。母畜通常對於生病的新生仔畜不會加以理睬及照料，甚至會將其叼出窩巢或推出籠外，這種行為很難與母性不良加以區別。
新生兒溶血
一般的犬貓不常發生新生兒溶血，而某些純種的新生仔畜則較為常見。母畜和仔畜的血型不合可導致仔畜紅細胞溶解。這種溶血會導致嚴重的貧血、血紅蛋白尿、器官衰竭等問題。這種情況多發生於攝食初乳之後，仔畜出生之後多呈現健康狀態，並能正常地吸吮母乳，一旦攝食初乳之後於數小時或數日之內便會出現最初的症狀，大部分幼畜會在第一天內便突然死亡而沒有任何症狀。
傳染病
傳染病對於幼齡動物的早夭占着極大部分的因素，特別是斷奶後期（5-12周齡）的病菌感染，這段期間內的死亡大多歸因於呼吸道或胃腸道的原發性感染。幼齡動物在沒有任何應激狀況下與病菌接觸時，通常會表現出不明顯或輕微感染而能自行痊癒，當環境或幼畜本身具有不利因素時，一些疾病的感染會變得較為嚴重，使得幼畜的早夭率提高。當病菌感染已超過幼畜免疫系統所能抵禦的程度時，便會導致死亡。影響的因素包括不適當的營養和溫度控制，病毒感染，寄生蟲及免疫系統的遺傳或發育缺陷。
在繁育的過程中，幼畜的損失幾乎是無可避免的現象。對於原因的診斷及判定可減少這方面的損失，某些引起早夭的特殊原因是在事先即可加以預防或避免的。因此，一旦原因確認之後，應針對這些因素加以排除，以期在下一胎時能夠有更高的仔畜存活率。
不過還是那句話，如果不打算讓犬貓繁殖的還是建議儘早絕育為好。
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